在6月20日，国家审计署发布公告称，根据《中华人民共和国审计法》规定，审计署对中国医药集团有限公司(以下简称“国药集团”)及所属7家二级单位的2016年度财务收支等情况进行了重点审计。经审计，国药集团在财务管理和会计核算、经营管理、落实中央八项规定精神及廉洁从业规定等方面还存在一些问题。
在经营管理方面，国药集团共有16个事项出现违规，涉及投资、贷款、收购、关联担保、项目审批和建设等多个环节。其中，所属国药中生下属企业一产业基地建设项目边设计边施工、擅自大量调整建设内容，国药中生未实施有效管控。至审计时，部分已建成生产线和生产车间闲置，涉及投资9.04亿元；所属一家企业未经集团批准、未完成资产评估，即实施股权投资项目，涉及金额5.1亿元；此外，2010-2016年，所属两家企业未经环评即开工建设11个项目，涉及金额2.6亿元等。
在财务管理和会计核算方面，国药集团所属一家企业在货物未发生转移的情况下提前确认收入，多计利润3745.3万元；所属国药控股未按规定确认两家联营企业投资亏损，多计利润133.73万元等；在落实中央八项规定精神及廉洁从业规定方面，2013年以来，所属中国医药工业研究总院等23家企业为44名新任职高管人员超标准配备公务车等。